Itsenäiseksi seurakunnaksi 1879

Kristinusko saapui läntiselle Uudellemaalle 1200-luvulla. Tuolloin katoliset dominikaanimunkit tekivät lähetystyötä laajalti, myös nykyisen Karkkilan alueella. Seurakuntaa tänne ei kuitenkaan perustettu vielä pitkään aikaan harvan asutuksen vuoksi.

Nykyisen Karkkilan käsittävä alue oli 1300-luvulla Janakkalan ja Lohjan seurakuntien rajalla. Lohjan seurakuntaan kuuluivat silloin Vihti, Nummi ja Pusula. Nykyinen Loppi puolestaan kuului Janakkalaan. Vuonna 1507 Vihdin seurakunta erotettiin Lohjan seurakunnasta itsenäiseksi seurakunnaksi. Nykyinen Karkkilan seurakunta laskettiin tuolloin Vihdin seurakuntaan kuuluvaksi. 

Tie itsenäiseksi seurakunnaksi alkoi vuonna 1654, kun Ul. Pyhäjärven seurakunta sai Vihdin kappeliseurakunnan, eli puoli-itsenäisen seurakunnan aseman. Paikkakunnan nimenä oli aluksi Pahajärvi, mutta se muutettiin Pyhäjärveksi 1600-1700 -lukujen vaihteessa. Koska Suomessa oli useita Pyhäjärvi-nimisiä pitäjiä, oli tarpeellista lisätä nimeen Ul., joka viittaa Uudenmaan lääniin.

Ul. Pyhäjärven kappeliseurakunnan ensimmäinen pappi oli Georg Agricola 1600-luvulla. Hän asui Vihdin kirkolla ja hoiti kappalaisen virkaansa sieltä käsin.

Pyhäjärvi kuului Vihdin pastoraattiin yli 200 vuotta, kunnes se 20. joulukuuta 1861 sai itsenäisen kirkkoherrakunnan aseman Keisarillisen Senaatin päätöksellä. Itsenäistyminen toteutui vuonna 1879, jolloin ensimmäinen vakinainen kirkkoherra astui virkaansa.

Vuoden 1969 alussa Pyhäjärven kunta ja Karkkilan kauppala liitettiin yhteen. Tämän seurauksena Ul. Pyhäjärven seurakunnasta tuli Karkkilan seurakunta. Pyhäjärven kunta ja Karkkilan kauppala olivat jo ennen liitosta kuuluneet seurakunnan alueeseen, joten seurakunnan osalta liitos merkitsi vain nimen muuttumista. 

Seurakunnan kirkkoherroina ovat toimineet Anders Adrian Candolin 1879-1888; Frans Oskar Blomqvist 1889-1898; Adolf Valfrid Sjöblom 1899-1906; Kustaa Varmavuori 1907-1938; Juho Arvi Metsovaara 1940-1953; Väinö Iisakki Laitinen 1955-1965; Leino Pekka Päiviö Hassinen 1966-1968; Lauri Sakari Kantola 1969-1998; Juhani Korte 1998-2011. Seurakunnan nykyinen kirkkoherra Hannu Bogdanoff aloitti virassaan vuoden 2012 alussa.